O componente Script não oferece suporte ao uso de pontos de interrupção. Portanto, você não pode percorrer seu código e examinar valores enquanto o pacote é executado. Você pode monitorar a execução do componente Script usando os seguintes métodos

Interrompa a execução e exiba uma mensagem modal usando o MessageBox.Show() método no System.Windows.Forms namespace . (Remova este código depois de concluir o processo de depuração.)

Gere eventos para mensagens informativas, avisos e erros. Os métodos FireInformation, FireWarning e FireError exibem a descrição do evento na janela Saída do Visual Studio. No entanto, o método FireProgress, o método Console.Write e o método Console.WriteLine não exibem nenhuma informação na janela Saída. As mensagens do evento FireProgress aparecem na guia Progresso do SSIS Designer.

http://microsoft-ssis .blogspot.com/2011/04/breakpoint-does-not-work-within-ssis.html