Por fim, com base no bom feedback do esquema de dados (e na falta de feedback do EF) em duas perguntas relacionadas, continuei como mostrado em "Bad Idea #2", acima.

Eu tenho trabalhado com isso e atende todas as minhas necessidades atuais.

Veja estes para mais detalhes sobre os outros bits da implementação:

• Restrição SQL:https://dba.stackexchange.com /questions/41387/manymany-with-shared-relation
• Navegação EF5:Custom Entity Framework propriedade de navegação muitos-para-muitos