Para quem se depara com o mesmo problema:
Descobri o motivo pelo qual não estava funcionando. O "Native-SRC" não estava se configurando corretamente (na verdade, eu não tinha valor algum). Esta é realmente a principal razão pela qual eu não consegui ver nada. Agora, sem uma boa razão (ou milagre), depois de remover tudo e recriar tudo, agora tenho um valor SRC nativo e tudo aparece como esperado.
Na verdade, o banco de dados quando adicionei ao GeoServer, as tabelas foram definidas com EPSG:0 (padrão para geometria). Mas você precisa mudar o EPSG para 4326 fazendo uma atualização como esta:
update MyTable set MyGeom = geometry::...FromText(MyGeom.STAsText(), 4326)
Após, remova todas as referências no GeoServer para sua tabela. Você realmente precisa recriar tudo do zero. E quando você adicionar novamente seu banco de dados com sua tabela, ele funcionará. Na verdade, você verá o "Native-SRC" ser definido por si só, e você também poderá clicar no autoset da BBOX da sua mesa. (Min X, Y, Max X, Y)
