PDO é a maneira aceita de se conectar a diferentes bancos de dados em PHP. Ele também tem um driver para MS-SQL
Aqui está um exemplo (Do PDO MSSQL )
$con = new PDO("sqlsrv:Server=localhost;Database=testdb", "UserName", "Password");
$con = new PDO("sqlsrv:Server=localhost;Database=testdb", "UserName", "Password");