Existem basicamente duas maneiras de usar o JDBC - usando a autenticação do Windows e a autenticação do SQL. A autenticação SQL é provavelmente a mais fácil. O que você pode fazer é algo como:
String userName = "username";
String password = "password";
String url = "jdbc:sqlserver://MYPC\\SQLEXPRESS;databaseName=MYDB";
Class.forName("com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver");
Connection conn = DriverManager.getConnection(url, userName, password);
depois de adicionar sqljdbc4.jar ao caminho de construção.
Para autenticação do Windows, você pode fazer algo como:
String url = "jdbc:sqlserver://MYPC\\SQLEXPRESS;databaseName=MYDB;integratedSecurity=true";
Class.forName("com.microsoft.sqlserver.jdbc.SQLServerDriver");
Connection conn = DriverManager.getConnection(url);
e, em seguida, adicione o caminho para sqljdbc_auth.dll como um argumento de VM (ainda precisa de sqljdbc4.jar no caminho de compilação).
Por favor, dê uma olhada aqui para um pequeno guia passo a passo mostrando como se conectar ao SQL Server a partir de Java usando jTDS e JDBC, caso precise de mais detalhes. Espero que ajude!
