Excluir nó xml da coluna da tabela SQL Server 2008 r2 com base no valor do atributo

Bem, já que seu atributo XML id é o namespace XML com o prefixo p5 , você também deve declarar e usar esse segundo namespace XML em seu código:

declare @lookupvalueId varchar(50)
declare @ruleId varchar(50)

set @lookupvalueId = 'b897f3ac-b40f-4b96-b438-eb156a26457e'
set @ruleId = 'fc39f423-05c0-4de9-ae46-12fe3c0c279b'

;WITH XMLNAMESPACES ('urn:gjensidige:processguide:201201' as qn,
                     'urn:gjensidige:processguide:201201' as p5)
update 
    pdr_processdefinitionrule
set 
    PDR_RuleXml.modify('delete (/qn:DifficultyRule/qn:FromControls/qn:Control/qn:FilterValues/qn:FilterValue[@p5:Id=sql:variable("@lookupvalueId")])')
where 
    pdr_guid = @ruleId

Veja essa segunda definição de namespace XML para p5 ? Veja o uso desse namespace XML no qn:FilterValue[@p5:Id=sql:variable("@lookupvalueId")] expressão?