Há realmente apenas duas opções aqui.
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Criptografe os dados que você está enviando para sua consulta selecionada. Dessa forma, você está comparando dois valores criptografados diferentes. Claro, isso falhará se você estiver usando um sal.
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Não criptografe os valores antes do armazenamento. Em vez disso, basta salvá-lo normalmente. Se realmente precisar ser criptografado, use os métodos de criptografia disponíveis no SQL Server para criptografar automaticamente a coluna:http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms179331.aspx
O objetivo da sua criptografia é basicamente proteger as informações "em repouso". O SQL Server pode fazer isso sozinho.
