Você pode construir as consultas em uma instrução select, assim:
DECLARE @sql AS VARCHAR(MAX)='';
SELECT @sql = @sql +
'ALTER INDEX ' + sys.indexes.name + ' ON ' + sys.objects.name + ' DISABLE;' +CHAR(13)+CHAR(10)
FROM
sys.indexes
JOIN
sys.objects
ON sys.indexes.object_id = sys.objects.object_id
WHERE sys.indexes.type_desc = 'NONCLUSTERED'
AND sys.objects.type_desc = 'USER_TABLE';
EXEC(@sql);
Os caracteres 13 e 10 são os line-feed/carriage-returns, então você pode verificar a saída substituindo
EXEC
com PRINT
, e será mais legível.