Uma chave primária deve ser exclusiva e não nula, portanto, elas são as mesmas desse ponto de vista. No entanto, uma tabela pode ter apenas uma chave primária, enquanto você pode ter várias chaves não nulas exclusivas.

A maioria dos sistemas também usa metadados para marcar as chaves primárias separadamente para que possam ser identificadas pelos designers, etc.

Se ambos forem CLUSTERED ou NON CLUSTERED então a única diferença são os metadados na maioria dos sistemas para marcar um índice como um PK.

Nenhum.