Eu tentaria reescrever o CTE para remover uma das etapas, ou seja,
;cte as (
select a.first_num, a.second_num, a.first_num as first_key, 1 as sequence_count
from T_SEQ_FF a where not exists (select 1 from T_SEQ_FF b where a.first_num = b.second_num)
union all
select a.first_num, a.second_num, cte.first_key, cte.sequence_count + 1
from T_SEQ_FF a
inner join cte on a.first_num = cte.second_num
)
select *
from cte
option (maxrecursion 0);
Se houver apenas um elemento raiz, seria melhor passá-lo para a consulta como uma variável para que o valor possa ser usado pelo otimizador de consulta.
Outra coisa a tentar é alterar a consulta para obter os elementos raiz sem uma subconsulta, ou seja, second_num é nulo ou first_num =second_num.
