Eu tive o mesmo problema que você teve cerca de um ano atrás. Dê uma olhada nas respostas aqui, há algumas ótimas sugestões de pessoas lá:CodeIgniter Conexão MSSQL

Além disso, um tópico foi postado alguns dias atrás aqui:CI conectar ao SQL SERVER - confira minha resposta por lá também, já que resolveu o problema para esse desenvolvedor em particular.