Eu tive problemas com as tabelas do provedor de associação ASP.NET (índices não clusterizados) e faltando o "WITH (NOLOCK)" instrução no procedimento armazenado aspnet_Membership_GetNumberOfUsersOnline etc.

A ferramenta de migração encontrada aqui corrigiu os problemas e exportou o banco de dados para o Azure.

http://sqlazuremw.codeplex.com/

É um bom assistente que se conecta ao seu SQL Server existente e migra o banco de dados selecionado para o Azure.