Suas classes devem ter nomes diferentes ou você deve usar um contexto separado para cada esquema.

A razão para isso é o modelo EDM usado internamente. Mesmo se você estiver usando code-first, ele ainda cria o modelo EDM por trás e deve seguir todas as suas restrições e a maneira como as classes POCO são combinadas com as entidades definidas no modelo CSDL. As entidades do EDM são e as classes POCO são correspondidas pelo nome da classe (sem namespaces). Por causa disso, cada nome de classe mapeado no mesmo contexto deve ser exclusivo e um namespace diferente não o torna um nome de classe diferente.