Você pode tentar adicionar explicitamente o tipo de conteúdo na parte superior do seu arquivo, conforme abaixo
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
e remova o abaixo do seu código ..
header('Content-Type: text/html; charset=ISO-8859-9');
Atualização:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
<title>Untitled Document</title>
</head>
<body>
<?php echo "for example Ş and İ "; ?>
</body>
</html>
O código acima me dá a saída abaixo:
