A resposta a essa pergunta seria sim e não.
Não porque
As tabelas não rastreadas parecem não estar envolvidas no rastreamento de dados.
Sim porque
Como a fonte das alterações vem do log de transações, a disseminação das alterações exige que as instâncias de captura leiam e interpretem o log de transações (disclaimer:minha interpretação das coisas) . A mera habilitação do CDC tem um impacto no desempenho de todo o banco de dados.
Recomendações
Conclusão
Se o seu servidor atualmente não tem problemas para acompanhar sua carga, duvido muito que você notará algum problema de desempenho habilitando o CDC para tabelas alteradas com pouca frequência.
Fontes
