Se estiver usando o SQL Server 2005 Configuration Manager, você verá apenas instâncias de 2005 e inferiores.

Para exibir instâncias do SQL Server 2008, verifique se está usando o SQL Server 2008 Configuration Manager.

A opção final seria Exibir todos os serviços usando o Service Control Manager. Aqui você precisará ver quais instâncias do SQL Server estão sendo executadas na máquina.