Sim, sua configuração baseada no Windows Installer e construída com o próprio Visual Studio pode implantar tudo o que você precisa. Leia este artigo no MSDN para mais detalhes (talvez você não precise do ClickOnce, mas ele contém muitos links).

Acho que você precisa de alguns esclarecimentos sobre suas opções (suponho que você queira usar uma solução da Microsoft porque falou sobre o SQLExpress).

• Microsoft SQL Server:mecanismo de banco de dados completo. Custa (muito) e a implantação não é tão fácil quanto nós.
• Microsoft SQL Server Express:edição gratuita (com alguns limites) do irmão mais velho. Mesmos problemas de instalação. Perfeito para desktops médios ou aplicativos da Web.
• Microsoft LocalDB:arquivo único ou múltiplo, usuário único, suporte para procedimentos armazenados e avançado tipos de dados como em versões superiores, fáceis de implantar e (opcionalmente) de execução por usuário. Perfeito para aplicativos de desktop pequenos/médios e desenvolvimento (com algumas pré-condições com aplicativos da web também).
• Microsoft SQL Server Compact 4.0:arquivo único, usuário único, pequeno, em processo, muito fácil de implantar. Perfeito para pequenos aplicativos de usuário único ou usado como armazenamento de dados local (o VS2k10 C++ Intellisense, por exemplo, usa um banco de dados SQLCE).
• Microsoft JET Engine:o velho e amado Access. Se você vem do VB6, acho que sabe disso.