Além de adicionar estes atributos à sua coluna Id:
[Key]
[DatabaseGenerated(DatabaseGeneratedOption.Identity)]
public Guid Id { get; set; }
em sua migração, você deve alterar seu
CreateTable para adicionar o defaultValueSQL propriedade para sua coluna, ou seja:Id = c.Guid(nullable: false, identity: true, defaultValueSql: "newsequentialid()"),
Isso evitará que você precise tocar manualmente em seu banco de dados, o que, como você apontou nos comentários, é algo que você deseja evitar com o Code First.
