Resolvi esse problema pré-compilando o driver ODBC 17 para SQL Server em uma máquina executando o Ubuntu 18.04 e copiando o libmsodbcsql-17.5.so.2.1 e msodbcsqlr17.rll arquivos em diretórios apropriados por meio de um pacote de compilação Heroku. Este é o driver ODBC 17.5 para SQL Server e provavelmente não compilarei outras versões desse driver, mas imagino que o conceito permaneça o mesmo.

O buildpack do Heroku e seus requisitos podem ser encontrados aqui https://github.com/matt-bertoncello/python-pyodbc-buildpack.git