Parece
DbFunctions.CreateTime
é o que você procura:Então, para obter resultados entre duas vezes, você pode:
var timeCapturesQuery = Context.TimeCaptures.Where(t =>
DbFunctions.CreateTime(t.StartDateTime.Hour, t.StartDateTime.Minute, t.StartDateTime.Second) < endTime &&
DbFunctions.CreateTime(t.EndDateTime.Hour, t.EndDateTime.Minute, t.EndDateTime.Second) > startTime);