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Consulta eficiente para dividir uma coluna delimitada em uma tabela separada


Crie uma função de divisão:
CREATE FUNCTION dbo.SplitStrings(@List NVARCHAR(MAX))
RETURNS TABLE
AS
   RETURN ( SELECT Item FROM
       ( SELECT Item = x.i.value('(./text())[1]', 'nvarchar(max)')
         FROM ( SELECT [XML] = CONVERT(XML, '<i>'
         + REPLACE(@List, '.', '</i><i>') + '</i>').query('.')
           ) AS a CROSS APPLY [XML].nodes('i') AS x(i) ) AS y
       WHERE Item IS NOT NULL
   );
GO

Em seguida, livre-se de todo o cursor e looping e faça isso:
INSERT dbo.mrhierlookup
(
  heiraui,
  aui
)
SELECT s.Item, m.aui
  FROM dbo.mrhier3 AS m
  CROSS APPLY dbo.SplitStrings(m.ptr) AS s
GROUP BY s.Item, m.aui;