Você está correto, System.Data não está lá (eu procurei a mesma coisa quando comecei a mexer com o WinRT). Você também não poderá fazer referência a ele. Se você quiser conversar com um banco de dados SQL, precisará usar algum tipo de outro protocolo (WebService, SOAP, WCF, etc.).

Existem portas para SQLite disponíveis que parecem estar funcionando, o que lhe dará uma opção de banco de dados local, mas não uma baseada em servidor, sem usar algum tipo de intermediário para chegar ao banco de dados.

Como uma nota lateral, eu pessoalmente gostaria de ter visto um aplicativo Metro de desktop que pudesse se conectar a um banco de dados SQL Express, por exemplo, mas não está atualmente nos cartões sem pular por aros.