Para usar a autenticação do Windows com sqlalchemy e mssql, é necessária a seguinte string de conexão:
Driver ODBC:
engine = sqlalchemy.create_engine('mssql://*server_name*/*database_name*?trusted_connection=yes')
Instância SQL Express:
engine = sqlalchemy.create_engine('mssql://*server_name*\\SQLEXPRESS/*database_name*?trusted_connection=yes')