Você pode usar a API do Objeto de Gerenciamento do SQL Server (consulte a tarefa "criando, alterando e removendo bancos de dados"):
var srv = new Server();
var db = new Database(srv, "mydb");
db.Create();
As informações sobre como começar estão aqui. Durante a instalação do SQL Server, você precisa instalar o SDK do cliente, os assemblies SMO estão em C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\SDK\Assemblies
Ou se você não quiser a dependência desses assemblies, você também pode simplesmente executar instruções DDL usando ADO.Net (por exemplo, veja esta pergunta):
using (var connection = new SqlConnection(myConnectionString))
{
connection.Open();
var command = connection.CreateCommand();
command.CommandText = "CREATE DATABASE mydb";
command.ExecuteNonQuery();
}
Obviamente, você precisa de uma string de conexão correta:instância conhecida do sql server e um usuário com permissão CREATE DATABASE.
