Motores e Conexões têm um
execute() método que você pode usar para instruções sql arbitrárias, assim como Sessions. Por exemplo:results = sess.execute('myproc ?, ?', [param1, param2])
Você pode usar
outparam() para criar parâmetros de saída se precisar (ou para parâmetros de ligação use bindparam() com o isoutparam=True opção)