Isso é da memória e não foi testado. Como você não disse qual foi o erro, estou fazendo um palpite de fazer semelhante antes com o Mysql. Se o erro está dizendo que você não pode atualizar e selecionar na mesma tabela, você precisa adicionar um alias ao select. Caso contrário, acho que você deve usar um IN, não um join.
Não testado, mas deve funcionar
UPDATE `customers`
SET `customers.working` = 'DUPL'
WHERE customers.ordernumber IN (SELECT t1.`ordernumber`
FROM (SELECT ordernumber
FROM `customers`
GROUP BY `ordernumber`
HAVING Count(`ordernumber`) > 1) AS t1);
Em um celular, espero formatado ok e colchetes na ordem correta etc :)
