Sua pergunta cobre um assunto muito complexo com muitas questões que precisam ser consideradas antes de decidir sobre uma solução. Fatores como a quantidade de dados que mudam por intervalo de tempo, largura de banda e latência da conexão de rede, confiabilidade da conexão de rede, segurança de dados, autenticação, autorização, procedimentos de backup e recuperação, failover e tolerância a falhas são apenas o começo.

Este artigo da Amazon discute a replicação de um banco de dados MySQL hospedado no local para o RDS. Um detalhe interessante deste artigo é:

Migrar dados MySQL no local para Amazon RDS