Consulta em um relacionamento muitos-para-muitos usando Doctrine com Symfony2

Você pode escrever uma consulta DQL de junção como abaixo

$em = $this->getContainer()->get('doctrine')->getManager();
$repository = $em->getRepository('YourNamespaceYourBundle:User');
$query = $repository->createQueryBuilder('u')
    ->innerJoin('u.groups', 'g')
    ->where('g.id = :group_id')
    ->setParameter('group_id', 5)
    ->getQuery()->getResult();

Seu mapeamento para groups propriedade em User entidade irá lidar com a própria parte de junção, você não precisa mencionar a tabela de junção em sua consulta DQL