Isso não é possível o que você tenta alcançar.

Você deve criar uma Entidade para os users_skills_levels. Por exemplo. UserSkillLevel Essa entidade terá então um relacionamento ManyToOne com User e um relacionamento ManyToOne com Skills mais o nível de atributo.

O usuário tem uma coleção de UserSkillLevel e a entidade Skill também.

Encontre um exemplo mais aprofundado aqui:

https://thoughts-on-java.org/many-relationships- propriedades-adicionais/