Não tenho certeza sobre o mySQL, mas no MSSQL você pode alterar o agrupamento na consulta, por exemplo, se você tiver 2 tabelas com agrupamento diferente e quiser juntá-las ou, como na sua situação, caixa UNION, você pode fazer
select column1 from tableWithProperCollation
union all
select column1 COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS from tableWithDifferentCollation
Claro que SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS é apenas um exemplo de agrupamento que você deseja "converter" para
