Preencher dados de grupo para uma série específica em Highcharts

Ao ver seu violino, a saída esperada que você deseja para HighCharts é a seguinte:

1:Dados de categoria :

Deve ser uma matriz de datas.
Certifique-se de remover duplicatas e ordená-las em ordem crescente/decrescente, conforme desejar, para ver um gráfico contínuo.

"categories":["2019-02-07", "2019-02-08", "2019-02-09", "2019-02-12", "2019-02-13", "2019-02-14"]

2:Dados da série :

Seria um array de objeto, onde cada objeto contém duas propriedades name e data .
Os dados devem ter n número de valores se suas categories array tem n valores e cada um corresponde ao mesmo índice.
Como não temos dados para cada data de cada turma, adicionaríamos 0 lá.

Assim, os dados ficariam como

"series":[
      {
         "name":"class 1",
         "data":[45,0,166,78,0,0]
      },
      {
         "name":"class 2",
         "data":[0,64,0,64,627,0]
      },
      {
         "name":"class 3",
         "data":[0,0,0,0,87,352]
      }
   ]

Fiddle final que pode ser alcançado pelo PHP usando o código abaixo:

$arrDates = [];
$arrClass = [];
$arrData  = [];

while ( $row = $query->fetch(PDO:: FETCH_ASSOC)) {
  $arrDates[] = $row['dates'];
  $arrClass[] = $row['class'];
  $arrData[$row['class'] . ':' . $row['dates']] = $row['marks']; // to identify for which date & class this marks belong to, we can directly search for index.
}

$arrDates = array_unique($arrDates);
sort($arrDates);
$arrClass = array_unique($arrClass);

// Create series data
$arrSeriesData = [];
foreach($arrClass as $strClass){
  $tempArr = ['name' =>  $strClass];
  foreach($arrDates as $strDate){
      $tempArr['data'][] = isset($arrData[$strClass . ':' . $strDate]) ? intval($arrData[$strClass . ':' . $strDate]) : 0;
  }

  $arrSeriesData[] = $tempArr;
}


$response = ['categories' => $arrDates, 'series' => $arrSeriesData];

echo json_encode($response);

Output:
{"categories":["2019-02-07","2019-02-08","2019-02-09","2019-02-12","2019-02-13","2019-02-14"],"series":[{"name":"class 1","data":[45,0,166,78,0,0]},{"name":"class 2","data":[0,64,0,64,627,0]},{"name":"class 3","data":[0,0,0,0,87,352]}]}

Atualize seu código javascript para refletir o acima

$(document).ready(function() {
    $(function() {
        $.getJSON('data.php', function(data) {
            // Create the chart
            Highcharts.chart('container', {
                title: {
                    text: 'class Marks'
                },

                xAxis: {
                    categories: data.categories
                },
                series: data.series,

            });
        });
    });
});