Resolvido. Espero que isso ajude alguém com problemas semelhantes e alivie algumas enxaquecas ao longo do caminho. Uma semana de puro pânico me fez buscar a intervenção divina quando tudo o mais havia falhado, então o grandalhão no andar de cima recebe a marca de seleção para esta. :)
Causa: A reinstalação do MySQL e do conector .NET significou que as personalizações do arquivo machine.config foram substituídas.
Solução: Após as atualizações, certifique-se de que as duas alterações a seguir estejam em vigor no arquivo machine.config...
(1)
<membership>
<providers>
<add name="MySQLMembershipProvider" **autogenerateschema="true"** ... />
</providers>
</membership>
(2)
<connectionStrings>
<add name="LocalMySqlServer" connectionString="server=dbServer;User Id=myUserID;password=myPassword;database=myDatabase" />
</connectionStrings>
Foi o segundo que me fez tropeçar. Durante a reinstalação o código foi alterado para...
<connectionStrings>
<add name="LocalMySqlServer" connectionString="" />
</connectionStrings>
...e é por isso que o site estava tentando se conectar ao host local e porque as informações do usuário na string de conexão web.config estavam sendo ignoradas.