Consulta de banco de dados do CodeIgniter usando query() com cláusula IN

Esse é o comportamento correto. CI escapa aspas antes de enviá-las para o MySQL. Você provavelmente deve usar uma matriz para o filtro e construir algo assim (não testado;))

$filter = array('a','b','c');
$sql = "SELECT t1.*, t2.* 
     FROM Table1 t1 
     INNER JOIN Table2 t2 
         ON  t1.id = t2.id 
         AND t2.title IN (". implode(',', array_fill(0, count($filter), '?')).") 
         AND t1.type = ? 
     ORDER BY t1.id";
//edit: check if $filter is not an array ( when it is a single value string )
$filter = is_array( $filter ) ? $filter : array( $filter );
$q = $this->db->query( $sql, array_merge( $filter, array( $type ) ) );

Você também deve reescrever um pouco a consulta:

$sql = "SELECT t1.*, t2.* 
     FROM Table1 t1 
     INNER JOIN Table2 t2 
         ON  t1.id = t2.id 
     WHERE
         t2.title IN (". implode(',', array_fill(0, count($filter), '?')).") 
         AND t1.type = ? 
     ORDER BY t1.id";