buscar o valor da chave primária de dados como o índice para a matriz associativa

Não é possível diretamente da consulta SQL:mas você pode recuperar todos os seus dados e remapear a matriz

Usando o array_column() do PHP 5.5 você pode fazer algo como:

$myarray['row_choice'] = array_combine(
    array_column($myarray['row_choice'], 'id'),
    $myarray['row_choice']
);

senão para versões anteriores do PHP, use array_map() em vez de

$myarray['row_choice'] = array_combine(
    array_map(
        function($value) {
            return $value['id'];
        },
        $myarray['row_choice']
    ),
    $myarray['row_choice']
);