Basta passar a string sql para o seu adaptador db assim:
$resultSet = $adapter->query($sql, \Zend\Db\Adapter\Adapter::QUERY_MODE_EXECUTE);
E se você quiser passar parâmetros:
$sql = "SELECT * FROM testTable WHERE myColumn = ?";
$resultSet = $adapter->query($sql, array(5));
EDIT:Observe que o método de consulta nem sempre retorna um conjunto de resultados. Quando é uma consulta que produz um conjunto de resultados(
SELECT ) retorna um \Zend\Db\ResultSet\ResultSet caso contrário(INSERT , UPDATE , DELETE , ...) ele retornará um \Zend\Db\Adapter\Driver\ResultInterface . E quando você deixar o segundo Parameter vazio, você obterá um
\Zend\Db\Adapter\Driver\StatementInterface que você pode executar. 
