Eu não acho que o MySQL pode retornar um array para PHP, mas pode retornar uma lista delimitada usando o Função agregada GROUP_CONCAT. Tente algo como:
SELECT user_id, firstname, lastname,
GROUP_CONCAT(wp_usermeta.meta_value) as target_employer_id
FROM `wsat_ib`
LEFT JOIN wp_usermeta ON
(wsat_ib.user_id = wp_usermeta.user_id
AND wp_usermeta.meta_key = 'target_employer')
GROUP BY user_id, firstname, lastname
Por padrão, você deve obter uma lista de elementos separados por vírgulas em
target_employer_id . Você pode usar o PHP explode função para transformar isso em um array em sua lógica PHP. 
