Você pode usar o Mysqldump. Há uma seleção para não usar dados.
mysqldump -uYourUserName -p=YourPassword databasename --no-data --routines > "dump.sql"
Você pode importar a estrutura da tabela. há também diferentes opções para usar criar se não existir ou descartar se existir para que você possa adaptá-lo às suas necessidades. Eu recomendo baixar o Mysql Workbench, é fácil com essa ferramenta.
Informações sobre mysqldumphttp://dev.mysql.com/doc/ refman/5.6/en/mysqldump.html
