Infelizmente, não conheço nenhuma maneira de desabilitar o log do MySQL para instruções individuais. A documentação do MySQL aconselha a manter os logs protegidos por este motivo:

De 5.2.3. O registro de consulta geral

Infelizmente, isso (desde 5.6.3) anti-senha-logging embutido vai apenas para a função MySQL PASSWORD().

Vejo algumas soluções possíveis para o seu problema:

1. Para cada consulta:desative o log, execute a consulta, ative o log
2. Faça o hash da senha em seu próprio aplicativo (no seu caso, php sha)
3. Proteja os arquivos de log para que ninguém possa ver as instruções
4. Faça login em um aplicativo que remove as próprias senhas