A CPU pode estar alta devido à consulta lenta.

O MySQL não monitora sua CPU, então você precisará de uma ferramenta de monitoramento de terceiros e compare os tempos em que a CPU está alta com os tempos em que a consulta (que é registrada) está sendo executada.

Eu uso a AWS, que tem um bom monitoramento, e recebo um alerta quando a CPU está alta, então posso seguir o Slow Query Log e ver quais estão causando isso.

Espero que ajude alguns. Mas meu palpite é que a CPU está alta devido à consulta e não que a consulta seja lenta devido à CPU. Apenas um palpite.