Exceções diz isso. O MySQL Provider oficial da Oracle ainda não suporta migrações ou andaimes.

Ele só criará o banco de dados na primeira execução de context.Database.EnsureCreated() . Quaisquer alterações feitas depois disso, não serão aplicadas. Você tem que largar todo o banco de dados e criar um novo, perdendo todos os dados.

Agradeça à Oracle;)

Atualizar

Com o lançamento do 7.0.6-IR31 pacote as migrações funcionam, mas o scaffolding ainda não.