Existe algum código errado com minha consulta para ingressar na tabela?

Não sei qual é o(s) problema(s) exato(s), mas seu WHERE cláusula tem um problema:

WHERE IPK IS NOT NULL

Não é permitido fazer referência a um alias de coluna no WHERE cláusula, pois seu valor ainda não pode ser determinado. Em vez disso, você deve usar isso:

WHERE akdhis_kelanjutanstudi.IPK IS NOT NULL

Atualização:

Os parênteses que você usou em sua visualização original parecem estranhos, desnecessários e possivelmente errados. Tente usar o seguinte:

CREATE ALGORITHM=UNDEFINED DEFINER=`root`@`localhost`
    SQL SECURITY DEFINER VIEW aIPK AS
SELECT t4.Kode AS Fakultas,
       t3.Kode AS Departemen,
       t1.NIM AS NIM,
       t1.TahunMasuk AS TahunMasuk,
       t6.IPK AS IPK
FROM akdmst_mahasiswamagister t1
LEFT JOIN akdmst_mayor t2
    ON t1.MayorID = t2.ID
LEFT JOIN ipbmst_departemen t3
    ON t2.DepartemenID = t3.ID
LEFT JOIN ipbmst_fakultason t4
    ON t3.FakultasID = t4.ID
LEFT JOIN ipbmst_orang t5
    ON t1.NIM = t5.NIMS2Key
LEFT JOIN akdhis_kelanjutanstudi t6
    ON t6.NIM = t5.NIMS2Key
WHERE t6.IPK IS NOT NULL
ORDER BY NIM
LIMIT 100;