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atualização do mysql - pular campos em branco?


Ele irá substituí-los por valores em branco. A maneira correta de fazer isso é não colocar esses itens na consulta:
if (empty($field1) && empty($field2) && empty($field3) {
  // show error message, nothing to do
  return;
}

$updates = array();
if (!empty($field1))
  $updates[] = 'field1="'.mysql_real_escape_string($field1).'"';
if (!empty($field2))
  $updates[] = 'field2="'.mysql_real_escape_string($field2).'"';
if (!empty($field3))
  $updates[] = 'field3="'.mysql_real_escape_string($field3).'"';
$updates = implode(', ', $updates);

mysql_query("UPDATE table SET $updates WHERE ID=123");

Obviamente, seria mais limpo colocar as alterações em uma matriz ou objeto associativo e depois fazer um loop por elas.