Ele irá substituí-los por valores em branco. A maneira correta de fazer isso é não colocar esses itens na consulta:
if (empty($field1) && empty($field2) && empty($field3) {
// show error message, nothing to do
return;
}
$updates = array();
if (!empty($field1))
$updates[] = 'field1="'.mysql_real_escape_string($field1).'"';
if (!empty($field2))
$updates[] = 'field2="'.mysql_real_escape_string($field2).'"';
if (!empty($field3))
$updates[] = 'field3="'.mysql_real_escape_string($field3).'"';
$updates = implode(', ', $updates);
mysql_query("UPDATE table SET $updates WHERE ID=123");
Obviamente, seria mais limpo colocar as alterações em uma matriz ou objeto associativo e depois fazer um loop por elas.