O MySQL não permitirá que você altere a indexação de uma coluna Auto-Index depois de criada. O que eu faço é excluir a coluna Auto-Index e depois adicionar uma nova com o mesmo nome, o mysql indexará a coluna recém-gerada sem lacunas. Faça isso apenas em tabelas em que o Auto-Index não seja relevante para o restante dos dados, mas apenas usado como referência para atualizações e exclusões.

Por exemplo, recentemente fiz exatamente isso para uma tabela contendo provérbios em que a coluna Auto-Index foi usada apenas quando atualizei ou excluí um provérbio, mas precisava que o Auto-Index fosse sequencial, pois os provérbios são retirados por meio de um número aleatório entre 1 e a contagem dos provérbios, havendo lacunas na sequência, poderia ter levado o número aleatório a apontar para um índice inexistente.

HTH