É uma solução alternativa, mas funciona:

Crie uma nova coluna e chame-a de do_delete , ou qualquer outra coisa, tornando-o um tiny-int. Então faça On Duplicate Key Update do_delete = 1;

Dependendo da sua versão/conexão do MySQL, você pode executar várias consultas na mesma instrução. No entanto, se não, basta executar uma consulta separada imediatamente após. De qualquer forma, a próxima consulta seria apenas:Delete From [table] Where do_delete = 1; . Dessa forma, se for uma nova entrada, não excluirá nada. Se não for uma nova entrada, ele a marcará para exclusão e você poderá excluí-la.