Você tem duas opções:

1. 
   Examine manualmente cada tabela e determine o que ALTER comandos a serem executados para fazer as mesmas alterações na produção que você fez no ambiente de desenvolvimento
   
2. 
   Use mysqldump para fazer backup de todos os dados no servidor de produção e diga a ele para pular as instruções DROP/CREATE TABLE (procure --help pela opção de linha de comando). Em seguida, despeje o esquema apenas do servidor dev, importe-o para o servidor de produção e importe seu backup para obter as linhas de volta. Isso requer que você não tenha removido nenhuma coluna.
   

No futuro, você desejará começar a acompanhar suas alterações de esquema. ORMs modernos como Doctrine, ActiveRecord têm algo chamado "migrações" que ajudam a gerenciá-los e aplicá-los a um banco de dados, acompanhando a versão do esquema.