O problema não era que a tabela estava corrompida. Quando você faz um group by, o mysql cria uma tabela temporária. Como a tabela é muito grande, a tabela temporária ocupa mais de 10 GB de espaço em disco. A mensagem de erro aparece quando o disco fica 100% cheio.
Eu usei o comando para verificar o espaço em disco:
df -h /dev/root
Então, na configuração do MySQL (my.ini), alterei o local (tmpdir) onde as tabelas temporárias são armazenadas para uma partição com espaço livre suficiente em disco.
agora a consulta é executada com sucesso
