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MySQL REPLACE INTO em várias chaves?


Se você tiver um UNIQUE index ou PRIMARY KEY definido nessas três colunas, então sim, você pode REPLACE INTO isto. Adicione o índice se ainda não o tiver:
ALTER TABLE session_table ADD PRIMARY KEY (`id`, `key`, `metadata`); 

Se você já tem um PK definido, crie um composto UNIQUE index nessas colunas:
CREATE INDEX `idx_id_key_metadata` ON session_table (`id`, `key`, `metadata`); 

Mais sobre MySQL CREATE INDEX sintaxe

Aqui está uma pequena demonstração .