Tabela gerada pelo MySQL PHP:não funciona com Tablesorter

$.load() executa uma solicitação assíncrona, ou seja, a função não espera os dados chegarem antes de retornar. Portanto $("table").tablesorter(); é executado provavelmente antes que a tabela seja adicionada ao documento. Faça uma chamada síncrona ou (melhor ainda) passe um manipulador para que o evento completo seja carregado.

http://api.jquery.com/load/ :

<script type="text/javascript">
  $(document).ready(function() { 
    $("#container").load(
      "table.php?randval="+Math.random(),
      null,
      function (responseText, textStatus, req) {
        $("table").tablesorter();
      }
    );
  }); 
</script>