Como consultar um banco de dados relacional por meio do Google DataFlow Transformer

Sim, é possível. Você pode tornar seu objeto Connection transiente para que não seja serializado e criá-lo uma vez por pacote por meio do startBundle método. Uma vez que todos os elementos do bundle são processados, a conexão pode ser fechada através do finishBundle método.

class MyDoFn extends DoFn<X, Y> {
  private transient Connection jdbc;

  @Setup
  public void setup(Context c) {
    jdbc = // Create connection
  }

  @ProcessElement
  public void processElement(ProcessContext c) {
    // query database
  }

  @Teardown
  public void tearDown(Context c) {
    // close connection
  }
}