Não parece que o mysqlimport pode ler a partir do STDIN, mas talvez você possa experimentar um chamado pipe . Algo assim (não testado)
mkfifo bigfile
mysqlimport -uuser -ppassword Database bigfile &
cat genome | nawk > bigfile
Ou você pode usar uma extensão bash para executar comandos em vez de arquivos
mysqlimport -uuser -ppassword Database <(cat genome | nawk)
